中華基督教會的創會，可追溯自一九一八年長老會總會在南京開會。當時，長老會、倫敦會和公理會的代表，在會議上芻議三會合一。
早自十九世紀晚清末期開始，中國處身內憂外患的困境，華洋間時起衝突，教案、仇教事件頻生，基督教會被視為洋教。加上各地基督教會宗派林立，各立門戶，各樹旗幟，不但令非信徒不解，亦產生教會間芥蒂，不利福音傳播。一九一零年，誠靜怡牧師出席愛丁堡世界宣教會議時，已言：「我們希望在不久將來，會有一個不具宗派特色的聯合基督教會。」
一九一八年四月，在長老會總會的會議上，長老會、倫敦會和公理會的代表便芻議教會合一，因為他們確信教會必需合一，攜手合作，才能為主作有力見證，才可以有更理想更有效的發展，才能對中國有所貢獻。翌年一月，三會代表組成中華基督教聯會執行委辦，再於南京召開會議，又有浸禮會和貴格會代表列席，籌商中國教會的聯合組織，共同草擬一份合一計劃書，商談合會的典章，及制訂合會的信條綱要。後來更擴大聯合範圍，包括別些宗派。
不過，同年五月四日「五四運動」在北京展開，這是一場反思中國傳統的大型文化運動，瞬間席捲全國，觸發全國各地青年、市民與群眾醒覺，愛國及民族意識高漲，甚至質疑基督教是帝國主義文化侵略的工具。其後於一九二二至二五年間，又陸續出現了「非基督教學生同盟」、「非基督教大同盟」及「非宗教大同盟」等組織，掀起了連串非基督教運動的浪潮，進一步對基督教會發出挑戰，也促使教會內有遠見的教會領袖更感教會合一刻不容緩，教會必需本色化來洗脫被視為「洋教」的恥辱，教會必需自養、自治、自傳，好使基督教在中國紮根、傳揚。
這個中華教會合一的進程，率先有一九一九年七月宣佈成立的中華基督教會廣東大議會，參與議會者包括巴陵會、公理會、倫敦傳道會、長老會及同寅會等代表。到一九二二年中華基督教會臨時總議會在上海舉行，合一運動又跨進一步。繼後在一九二七年，全國性之第一屆中華基督教會總議會在上海聖瑪利亞女校舉行，出席代表八十八人，其中中國代表六十六人，西國宣教士廿二人，正式代表十一個宗派，五十三個區會。這便奠定了中華基督教會合一組織之基礎。本會組織採四級制：即全國之「總議會」，省級行政區性之「大會」（或稱協會），地區性之「區會」，及基層之「堂會」。
一九三零年在廣州白鶴洞召開第二屆總議會。一九三三年在廈門鼓浪嶼召開第三屆總議會。一九三七年在青島召開第四屆總議會。在十年期間，繼續參加聯合組織者有五個大會，卅四個區會，連前合計有十六個大會，八十五個區會，二千八百四十二個堂會，受按立牧師四百五十四位，守聖餐教友人數約十三萬。隨後，中日之戰爆發，全國總議會暫停召開，至勝利後擬召開之第五屆議會，亦因復員伊始，交通困難，未克如願。到一九四六年十月，始在南京漢中堂召開值理監事擴大聯席會議，出席代表五十七人，在當時全國已有大會二十個，區會一百零五個，守聖餐教友接近十七萬人。至於與中華基督教會合作之西國宣教會共有十七個單位，遍及三大洲，名單如下：加拿大合一教會、加拿大合一教會女宣道會、加拿大長老會、加拿大長老會女宣道會、美國公理會、美國南長老會、復初會、美國北長老會、歸正教會、同寅會、倫敦會、英浸信會、英長老會、愛爾蘭長老會、蘇格蘭長老會、紐西蘭長老會、澳洲長老會。